肛瘘的发病率占整个肛肠疾病的1/4，仅次于痔疮而居第二位。

肛瘘多是因肛周脓肿溃破后或切开排脓后形成的。如果一旦形成了肛瘘，应尽早手术，因为肛瘘拖延日久，炎症就会逐渐蔓延，组织被侵蚀、腐烂，面积日益增大。不仅可以派生支管，还可以向深部组织侵犯，特别是蔓延于肛门括约肌及肛管直肠环上。有时，肛瘘虽然可以暂时闭合，但这是假象(叫做假愈合)，管道内残留未消灭的细菌和坏死组织等。如果抵抗力下降或遇到一定的诱因，如过食辛辣原味或受凉腹泻，或劳作太过等，局部的炎症就可复发，感染化脓。当闭合口不坚固时，可在原口处重新流脓，如此反复不愈。若闭合口较坚固，瘘管内的脓液可在另一薄弱地破溃成新的瘘道，如此反复，瘘管就会逐渐增多。因为长期反复流脓不愈，势必会影响健康，所以患了肛瘘如客观条件不允许时，给予保守治疗是必要的，但不会治愈肛瘘，肛瘘要完全愈合必须依赖手术治疗，且越早越好。